Изучение биоразнообразия и экологии лишайников и мохообразных Волжско-Камского бассейна и Уральской горной страны.
Изучение лишайников в Пермском крае имеет длительную историю. Первая работа, целиком посвященная видовому составу лишайников Пермской губернии – статься Порфирия Никитовича Крылова, вышедшая в 1882 году, в которой он приводит 137 видов лишайников. Следующий этап исследований связан с именем выдающегося советского лихенолога Альфреда Николаевича Окснера, две работы которого содержат сведения о лишайниках Пермского края.
В 1960-1970х годах, на севере края Екатерина Михайловна Шкараба проводила исследования консортивных связей в растительных сообществах тайги, в которых, наряду с другими эпифитами, оценивается фитоценотическая роль лишайников, поселяющихся на лесообразующих породах.
Целенаправленное и систематическое изучение флоры лишайников было начато на кафедре ботаники ПГПУ в 1993 году под руководством Екатерины Михайловны Шкараба, на первых этапах этой работы внимание уделялось, главным образом, изучению лишайников заповедников «Басеги» и «Вишерский», так как эти территории можно считать наименее нарушенными человеком и, соответственно, наиболее богатыми по видовому составу лишайников. Позднее лихенофлористические исследования были расширены на другие районы края. К настоящему времени экспедиционными работами затронуты все ботанико-географические районы области, многие административные районы, многие особо охраняемые природные территории, различные фитоценозы